¡Bueeeno!, por fin, en mi caso la instalación del Atom ha sido una verdadera odisea.
Para empezar, me encontré con que la disquetera del SAM había pasado a mejor vida (o estaba en ello). No se si será el fallo más común, que creo que no; pero por si las moscas lo comento.
El motor de la disquetera había comenzado a comportarse de forma errática, ahora sonaba acelerado, ahora se arrastraba. Por supuesto, cargar cargaba sólo a ratos; en cuanto se aceleraba, la carga fallaba. Visto el percal, decidí ponerme con la disquetera antes que con el Atom.
La desmonté y de paso que la revisaba, le cambié la goma y engrasé. Como detalle curioso, la ¿extinta? correa CC032 usada por los +3 y los CPC funciona perfectamente y encaja casi como anillo al dedo

Respecto a la situación de la placa, regular. Varios condensadores habían derramado ácido (poco, menos mal) y pedían a gritos reemplazo, me preocupaba un transistor cercano ya que no hubo forma de identificarlo; pero afortunadamente no hizo falta meterle mano.
Los condensadores SMD reemplazados fueron 3, C102,C101 y C39 (22uF, 22uF y 10uF respectivamente).
Tras el reemplazo por electrolíticos estandar y encajandolos bien, la disquetera volvió a sonar como debe

El Atom también dio guerra, en primera instancia probé varias CF y varios IDE<->CF sin éxito. La CF no se veía. Ni el método del SimCoupe, ni arrancar nativamente desde BDOS en disquete ayudó. Como el tema de la alimentación me traía mosca con los adaptadores que tenía, tiré de uno que me acordé que tenía montado en otro equipo; pero a mano y ... ¡bingo!, funcionando perfectamente. Es el mismo que el de la foto de JULIO, muy común; pero fijandome con atención, la mayoría de los que probé tenían diferencias (puentes para alimentar, doble CF, etc.). El que me ha funcionado es el más sencillo, sin cableados raros y jumpeado a 3,3V.
Ahora a ver como organizo el SAM para dejar accesible la CF...