Como me imaginaba, el Retroach de los repositorios de Debian y Ubuntu es antediluviano y falla más que una escopeta de plastilina. El repositorio de Libretro para Ubuntu tiene la versión "buena" (actual, estable) que no pude instalar en Debian por problemas de dependencias, pero en Ubuntu va estupendamente.
El emulador PPSSPP en forma de núcleo tiene algún problema no del todo claro por el que RetroArch se congela al salir de un juego, o guardar o cargar un estado. Por lo que he leído, se puede solucionar quitando la sincronización de audio, pero entonces los juegos van acelerados. Otro arreglo es usar OpenGL en vez de Vulkan, pero el propio RetroArch debe funcionar también con OpenGL. Al final, lo configuré para que RetroArch cambiara a dicho modo de vídeo cada vez que cargara ese núcleo, y ahora va como la seda. No he probado pesos pesados como los God of War, pero Burnout Legends va a 60fps estables a 960x544, y da algún tironcillo a 1440x816.
El núcleo Dolphin para emular GameCube es de una versión antigua y va realmente mal. El Dophin "standalone" (vamos, el emulador suelto, tradicional) sí funciona bien. Además, leí sobre un fork llamado Ishiiruka, con una emulación algo menos precisa pero mucho más eficiente. Después de mucho buscar, encontré el código fuente y las instrucciones para compilarlo como núcleo para RetroArch (*); el Metal Gear Solid Twin Snakes va a 60fps estables, sin fallos gráficos ni sonoros.

El núcleo PCSXR me ha decepcionado mucho: no permite algo tan básico como cambiar la resolución. El Mednafen PSX (ahora Beetle PSX) es más pesado, pero permite doblar o cuadruplicar la resolución (curiosamente, no permite resoluciones intermedias), e incluye un hack para usar pantalla panorámica sin estirar la imagen; no funciona igual de bien en todos los juegos, pero, por ejemplo, el Rollcage se ve espectacular. En el Wipeout 3 lo que he hecho es utilizar la opción incluida en el propio juego (tenía soporte para televisores panorámicos de la época) y, desde el emulador, lo único que he tenido que decirle es que estire la imagen en vez de conservar la relación 4:3. Eso sí, se nota que el emulador es pesado: a veces se ralentiza un poco, notándose sobre todo en el sonido.
Con Nintendo 64 no he tenido ningún problema, de momento. Todo funciona como debería. Ni siquiera recuerdo qué núcleo le he puesto.

Con Super Nintendo me he llevado una sorpresa: todo el mundo parece recomendar el núcleo bSNES, pero a mí me iba lentísimo. ¡Emulando una SNES, que va suave hasta en un Pentium II ! Total, he puesto el viejo pero fiable Snes9x y todo va como la seda, hasta los juegos con SuperFX.
Por supuesto, GB, GBC, GBA, MegaDrive... van todos como un tiro a la primera.
Al ponerme a ver películas me encontré con un fuerte tearing. Tras investigar un poco, parece ser que es un fallo del compositor que incluye Marco, el gestor de ventanas de Mate. Ha sido cuestión de desactivarlo, sustituirlo por Compton y, en éste, activar las opciones "--backend glx --paint-on-overlay --vsync opengl-swc". Va como la seda, y encima permite más efectos que el otro y consume menos memoria y procesador.
Problema: algún conflicto hacía que el emulador de PSX corrompiera la imagen. Solución: activar la opción de Retroarch de desactivar la composición de escritorio.
Sólo me faltan algunos detalles por pulir:
- La vibración de los mandos ha funcionado alguna vez, aunque muy débil, y no sé por qué unas veces va y otras no.
- Tengo que pelear un poco con los permisos de Samba para que vaya fino, fino. Y, si pudiera reducir la latencia, mejor.
- Sigo buscando un EmulationStation similar al de Batocera o EmuElec, pero que funcione en distros no dedicadas. En realidad, me conformo conque permita ponerlo en español (la mayoría sólo permiten inglés), y, a ser posible, que tenga algún script para actualizar las listas de juegos. Aunque debo reconocer que, una vez me he familiarizado con la interfaz de RetroArch, ya no me parece tan importante...
(*) Por si alguien quiere saber cómo compilar Ishiiruka como núcleo de RetroArch (puede que falte o sobre alguna dependencia que no recuerde; no vienen en las instrucciones, y tuve que ir improvisando):
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EDITO:
- Ya he arreglado lo de la vibración. Liado como estaba con mil frentes abiertos, no me dí cuenta de que con PCSXR funcionaba, pero débil, y con Mednafen no iba. Lo he arreglado en el segundo, que es el que voy a usar. Resulta que hay una opción en los ajustes generales (los de Retroarch, la segunda columna del menú, no los del núcleo) para que sea el núcleo el que se haga cargo del mando, en vez de depender de la configuración de Retroarch. Esa opción sólo aparece con el núcleo cargado y un juego funcionando. Al activarla, la vibración funciona estupendamente en todos los juegos de PSX que he probado. Tiene narices que esté tan escondida, que sólo aparezca en circunstancias concretas, y que ni el nombre ni la descripción tengan nada que ver con la vibración... pero con RetroArch es lo que hay.

- El único juego que realmente quería jugar de GameCube era el Metal Gear Solid Twin Snakes, pero ya puestos he probado también el Auto Modellista (tenía curiosidad...). En el Ishiiruka de Retroarch, la pantalla parpadea constantemente hasta hacerlo injugable, y por lo visto no hay ningún ajuste que arregle eso. En Ishiiruka independiente, y en las dos modalidades de Dolphin, va lento; no injugable, pero sí poco disfrutable.
- No he conseguido emular PS2 de ninguna forma. El núcleo que viene en Retroarch es el "Play!"... que no funciona en absoluto. He conseguido el PCSX2 como núcleo, pero le faltan archivos. El mismo emulador, descargado como binario, para Ubuntu, da error de dependencias, al intentar compilarlo desde el código fuente, también, el de los repositorios de Ubuntu me quiere desinstalar todo el entorno gráfico, y el del repositorio oficial del desarrollador es para Ubuntu 18.04 como máximo y también me escupe "paquetes rotos". Por lo visto hay una librería que sigue existiendo, pero ha cambiado de nombre y el instalador no la encuentra.

- Ya he conseguido que Samba se comporte de manera civilizada. Lo del lag requiere más investigación.
En fin, que voy avanzando. Espero que esta experiencia le sirva a alguien...