Autoanswer:
NOP, no sirve un mando con norma Atari en la SuperGun. Obsérvese el pinout del mando de la Megadrive:

Hay un pin, el 7, que cuando está a GND hace que el resto de pines tengan funciones diferentes a cuando está a +5V, por tanto es como si usando el mismo DB9 tuviéramos 2 mandos en 1. Y esto con los mandos de la Atari no va así.
Ya había notado yo este efecto pues enchufé un mando de Atari al SuperGun, y el muñeco se movía p'arriba y p'abajo, pero no pa los laos.
Pero visto esto ahora hay algo que no entiendo: cuando enchufo el mando de la Megadrive al SuperGun, entiendo que éste le pone +5V en el pin 7 pa que se puedan usar Up, Down, Left y Right. Tamién se pueden usar Button y Button C, pero, ¿y Button A? ¿Y Start?
Si algo funciona... ¡¡NO LO TOQUES!! ¡¡NI DE COÑA!!