Buena pieza, Rafa

Por experiencia en la reparación de estos equipos, lo primero que hay que hacer nada más adquirir uno (incluso antes de enchufarlo siquiera, porque te la juegas, ya me explotó una fuente en la cara

), es cambiarle la fuente o bien si quieres mantener la de 100v original, sustituir una serie de componentes fijos, entre otros todos los condensadores electrolíticos y varios transistores. En ocasiones también es necesario cambiar algún opto.
Respecto a esos zócalos, son para colocar una rom-firmware-bios o como quieras llamarla, alternativa o copia de la original. Normalmente no hace falta usarlos para nada, porque salvo para la serie X68030 que eran diferentes (y más grandes) no hubo versiones alternativas que yo recuerde. Pero puede venir bien si las ROMs en placa (hay un par SMD soldadas) están estropeadas. Yo lo hice una vez en una placa que las tenía mal y funcionó correctamente, con un par de EEPROMs que tenía por ahí. Para cambiar entre las que hay en placa y las DIP sólo hay que cambiar un jumper. En cada uno de los chips se almacena la parte par o impar respectivamente del contenido del firmware.
Por cierto, hablando de disco duro, si es un Pro... usará discos duros SASI, así que lo tienes complicado. Básicamente hay 4 opciones:
1- Encontrar un disco duro SASI original y que funcione (ni lo intentes, suelen ser de 40Mb como máximo y acaban cascando todos). Tenía uno en un ACE y petó a los meses

2- Encontrar un disco SCSI que tenga opción de deshabilitar la comprobación de paridad por jumpers, que se pueda configurar la terminación del bus y que con suerte sea compatible con el driver SxSI que hay que instalar en la SRAM para que funcione (para ello deberás además tener la pila en funcionamiento, para que guarde el driver y los settings). Lo tengo así en un ACE HD y me va bien con uno compatible de 1Gb.
3- Usar una tarjeta SCSI2SD que con los firmware modernos hay compatibilidad SASI/SCSI pero sigue requiriendo el driver SxSI si no recuerdo mal (no tengo una de estas, son bastante caras, creo que rondaban los 70€+envio la última vez que miré).
4- Pillar una tarjeta SCSI para el slot de expansión del equipo, y entonces conectarle cualquier disco SCSI normal, y a funcionar (tengo una de estas en un EXPERT y funciona bastante bien, solo que lleva sólamente conextor SCSI externo centronics y tengo que usar una caja SCSI externa para usarlo).
Ah! y Se me olvidaba, el cable para conectarlos es especial, en el ACE tuve que fabricarme uno a mano, partiendo de cable plano y conectores adecuados. No obstante si el tuyo es Pro HD puede que aún conserve el cable original dentro.. 
. Vale acabo de ver en las fotos que lo tiene. Mola
