Básicamente coincido con la línea "relativista" de mc_leod: ¿el mejor en qué? ¿para qué? ¿de qué generación? Porque no tiene mucho sentido comparar una hoja de cálculo sobre un Apple II del '78 con un juegazo de MSX2+ del 88. Se pueden establecer muchas taxonomías en base a distintos criterios, y ninguna es objetivamente más válida que otra.
Si atendemos a generaciones, por hacer una clasificación, tendríamos una primera de mediados de los 70 hasta el 80: IMSAI 8080 / Altair 880, Apple II, Commodore PET, TRS-80, Sinclair ZX-80/81.
Después tendríamos la generación de la primera mitad de los 80: Sinclair ZX Spectrum (y los modelos posteriores Plus y 128k), Commodore VIC-20, C64 y la gama 264/Plus (herederos de los PET9, Amstrad CPC 464/6128, MSX, BBC Micro, Dragon, y Atari 400/800/65.
Y luego estaría la generación tardía de segunda mitad de los 80: MSX2(+), Amstrad PCW, Commodore C128(D) y Sinclair-Amstrad Spectrum +2/+3.
Y por supuesto, cualquier otra división temporal también es válida.
Otra taxonomía sería: ¿uso profesional / juegos / multimedia doméstico? (estos dos últimos muy relacionados).
Y luego habría que hacer una segmentación por mercados. No es lo mismo tener un MSX en Japón (con unos juegazos brutales en cartucho), que en España (con cartuchos de importación a precios prohibitivos vía anuncios en revistas, y un mercado local de pobres conversiones desde Spectrum que no aprovechaban la máquina). Otro tanto similar para el C64: llegaban buenos juegos de USA (pero no todos), y los juegos nacionales solían ser pésimas conversiones apresuradas desde el Amstrad o Spectrum desaprovechando los recursos hardware nativos como el VIC o el SID. El Atari 800 tuvo un gran catálogo de HW, juegos y aplicaciones en USA, igual que el BBC Micro en UK, pero aquí llegaban con cuentagotas (y caro).
En uso profesionales el CMB Pet fue una buena máquina pero muy cara (incluso para el poder adquisitivo de USA). Quizá el Apple II tuviera el ecosistema más versátil en precio/prestaciones/catálogo, hasta que Steve Jobs se cegó con su Macintosh y decidió matar la gama (el III era un buen sucesor). En USA tuvo también cierto éxito la plataforma Atari 800 (posteriormente 65 y 130).
Hacia mediados de los 80 en Europa el Amstrad CPC6128 era probablemente la opción más práctica, al traer la unidad de disco con CP/M de serie, con una (para entonces) enorme librería de software comercial, que además Alan Sugar se encargó de negociar para que abarataran precios. C64 tenía GEOS que marcaba el futuro de los entornos gráficos, pero creo que su librería nunca fue tan completa como la de CP/M. En UK el BBC Micro tuvo también una librería profesional considerable, que aquí no llegó. Lo acabó desplazando el CPC6128.
En cuanto a la generación tardía de finales de los 80, pues de nuevo depende. Si nos centramos en aplicaciones de texto, en UK y España el Amstrad PCW tuvo una librería comercial enorme a precios para entonces "sorprendentemente" asequibles (£99 frente a los £500 que eran habituales unos años antes). El C128 era una buena máquina pero salió tarde para los 8 bits (con una competencia muy dura del MSX2 y el PCW), y la propia Commodore la eclipsó con el Amiga (excelente máquina, pero de 16 bits, fuera de esta comporativa). Se diseñó en parte como plataforma como CP/M pero con poco éxito entre su público. Al final se usó más bien como un C64 mejorado, un desperdiciando muchas de sus características. Desconozco si el MSX2(+) tuvo una librería comercial potente en otros mercados, aunque en multimedia (sobre todo vídeo) sí que fue pionero (compitiendo con plataformas de 16 bits como el Amiga y el Atari ST).
¿Y qué entendemos por "mejor software profesional"? ¿Un procesador de textos en modo gráfico sobre GEM o GEOS? ¿O un procesador en modo texto (90 lin x 30 col en el PCS) sobre CP/M como WordStar o LocoScript, con un interfaz más antigua y más difícil de dominar, pero a cambio con más funcionalidades avanzadas de serie? De nuevo, depende de los gustos y el nivel técnico del usuario.
Y si nos vamos a los juegos, pues de nuevo muchas respuestas válidas, en función de los criterios. En cuanto a potencia de hardware, el C64 y el MSX serían los más dotados. Pero como ya he indicado su librería de software en mercados como el español no le hacían justicia frente a otros mercados. Aquí se desarrollaba primero para Spectrum, y con la aparición del Amstrad CPC 6128, la mayoría de las casas se pasaron a esta plataforma. Después hacían un downgrade gráfico para el Spectrum, y desde esta versión hacían un port (generalmente penoso) para MSX y Commodore (tirando de CPU y sin aprovechar el hardware dedicado de gráficos y sonido). Sus comunidades de usuarios también estaban muy fragmentadas, sobre todo en ciudades pequeñas y pueblos, lo cual dificultaba aun más conseguir software.
Creo que nadie ha destacado que, si se desarrollaba sobre CPC 6128, probablemente no era tanto por sus buen colorido en Mode 0, sino por las ventajas de serie de su unidad de disco, 128KB de memoria y monitor. A la hora de desarrollar, podías tener el assembler/debugger en memoria alta, e ir probando, modificando y guardando frecuentemente en disco. Su arquitectura basada en Z80 hacía relativamente fácil portar los juegos a Spectrum y MSX reaprovechando el 90% del código (y luego al pobre C64 le pagaban algún freelance para que hiciera lo que buenamente pudiera para convertirlo en un par de semanas).
Y en cuanto a la última generación, creo que hay unanimidad en que el MSX2(+) fue la mejor máquina (Amstrad intentó copiar la receta con la gama CPC Plus, pero llegó tardísimo, hacia el 90, y no convenció a nadie). Claro que por precio y generación el MSX competía más bien contra los sistemas de 16 bits: el Atari ST y el Amiga, que tenían mucho mejor potencia de base. El Amstrad PCW no competía en juegos (ni lo pretendía), aunque en el mercado profesional durante unos años plantó cara con aplicaciones tan serias como dBase, o WordStar, ademaś de venir con un software de serie (LocoScript y AMSFile) bastante decentes, de hecho suficiente para muchos usuarios que se estaban inciciando.
¿Y si hablamos de periféricos? El MSX probablemente es el que venía con más puertos (algunos incluso con euroconector). A partir del MSX2 la unidad de disco venía de serie en casi todos los modelos. Los Amstrad con su "todo incluido" traían la unidad de cinta/disco según el modelo, puertos paralelo y joystick, expansión y sobre todo: el monitor con señal RGB (además a elegir: fósforo verde o color según presupuesto). También iban bien petrechados los Sinclair +2/+3, si obviamos el monitor. El PCW sumaba además la impresora y una buena librería profesional de la casa. El C128D tenía un montón de salidas y entradas y unidad de disco, pero salió tarde y costaba un dineral. El MSX2+ subió aun más la apuesta, con modelos dedicados a edición de video, pero con precios más cercanos a la siguiente generación de 16 bits.
¿Hablamos de precio? Sinclair fue la reina, con el ZX81, después el ZX Spectrum/Plus/128, y ya en la etapa de Amstrad, con el +2 y +3. Tuvo el logro de mantenerse como la opción más económica, e incluso así, para muchas familias humildes suponían un esfuerzo enorme tenían que hacer quitándose de otros lados para poder darle la ilusión al niño. Para muchos niños de clase obrera fue el mejor regalo de toda su infancia, su única opción hacia la era digital.
Así que, después de todo este rollo, retomo mi planteamiento inicial: "el mejor" depende de para qué, en qué generación, en qué entorno, en qué mercado, a qué precio y cómo lo midas. Que es otra forma de decir que estoy de acuerdo con todos los que han dicho es "el mejor es XXXX": según tus criterios, así es
Y para quien se lo esté preguntando, en el '85 tuve mi Amstrad CPC464 para el que años después conseguí la unidad de 3" externa. A día de hoy, soy incapaz de quedarme con una sola plataforma. Todas tienen su encanto, sus fortalezas y sus inconvenientes.
el ordenador es una pasada, pero es que simplente, para mí, no es operativo jugar con joystick estandar de un botón por obligación, cuando la jugabilidad exigía casi siempre 2. El apaño de usar una tecla del teclado como segundo botón es una chapuza injugable para mi gusto (esto pasaba también en Spectrum si se utilizaba joystick, pero es que jugar con teclado era infinitamente más cómodo). Entiendo que para alguien que en su momento se inició con un C64 en los videojuegos no le choque, pero para mí es algo desfasado que lo lastra por completo. Solamente por esa forma de jugar, es más "moderno" hoy en día un Spectrum que un C64. 
al final, es una cuestión cultural que se mantiene hasta la actualidad en las consolas (catálogo occidental vs catálogo japonés), pero en 8 bits en Europa, el catálogo era tan apabullante que no se puede despachar con un simple comentario.