Zup, yo estuve intrigado por esa misma cuestión; De hecho intenté bajarme alguna versión DOS, pero no hubo suerte. La gente del F-Prot dicen que ya no dan soporte y por ende tampoco la descarga del programa ni las definiciones actuales. Por eso mi idea de colocar el HDD en una caja externa y chequear desde ahí. Yo, como uso Linux, me instalé el Clam para esas cuestiones. Claro que mis máquinas para jugar son Pentium 200 MMX o AMD K6, y esos usan directamente cualquier disco IDE convencional.
Yo tengo el F-Prot por aquí, instalado en una máquina DOS. Pero cuando lo ejecutas dice que la base de datos está obsoleta y no deja seguir. También estuve revisando por si los de Avira tenían versión DOS, y nada.
En mi caso, al no ser máquinas muy antíguas, siempre puedo bajarme el CD de Avira para limpieza y arrancar con él. Es un Linux sencillo. No lo he probado, en todo caso. Y tengo curiosidad por hacerlo. Así que me lo apunto en la lista de things-to-do.

En mi PS/2 modelo 30 (8086) solo tengo programas "serios", como compiladores, editores y tal. Y antes de que preguntes, esta máquina usa discos duros con interface no estándar, así que en ese caso no aplica sacar el disco para chequearlo en otro ordenador. Pero tampoco me preocupa el asunto de los virus en esa máquina, precisamente porque no suelo colocar nuevos programas en él.

¡Abrazos!
Manu