En efecto, muchos programas de MS-DOS 5, 6, 6.20, 6.22 funcionan sin más copiándolos de uno a otro. No hay que olvidar que el sistema en sí son solo tres ficheros, a saber:
(en el caso de MS-DOS, MicroSoft DOS):
IO.SYS (oculto) -> Subsistema de entrada/salida
MSDOS.SYS (oculto) -> Kernel (núcleo) del Sistema
COMMAND.COM -> Intérprete de comandos o shell del sistema.
(en el caso de IBM PC DOS):
IBMBIO.COM (oculto) -> Subsistema de entrada/salida
IBMDOS.COM (oculto) -> Kernel (núcleo) del Sistema
COMMAND.COM -> Intérprete de comandos o shell del sistema.
En ambos casos el primero de esos ficheros se carga en el MBR del disquete o disco duro, así que a este sector de arranque también se le considera parte del S.O. El otro debe estar en el directorio raíz del disco y el tercero en cualquier lugar dentro de la variable PATH, pero mejor en el directorio raíz o bien dentro del subdirectorio \DOS
Mas info aquí:
http://es.wikipedia.org/wiki/IBM_PC_DOSAmbos son sumamente similares, el primero era para ordenadores clónicos principalmente, mientras que el segundo era para máquinas IBM.
El resto del S.O. (lo que hay dentro de la carpeta C:\DOS) son subprogramas y se puede prescindir de ellos tranquilamente.
Entonces y resumiendo, casi cualquier programa que funcione en un DOS lo hará en otro... Salvo los ficheros .COM (no todos ellos) o los que necesiten una versión mínima del núcleo del sistema, en cuyo caso mostrarán un mensaje de error al respecto y finalizarán su ejecución. Por eso DELTREE.EXE y otros muchos son "portables" entre versiones de DOS.
Personalmente lo más útil que he tenido y tengo para manejarme por cualquier versión de MS-DOS o IBM PC DOS, es el Comandante Norton. Lo metes en la variable PATH del fichero AUTOEXEC.BAT y así lo tienes disponible desde dondequiera que te encuentres en la estructura del árbol del directorios.
¡Abrazos!
Manu
-- Actualizado 11 Feb 2013, 13:43 --
Mirad qué curioso: Resulta que RoboCop iba con una versión de MS, IBM o DR DOS:
http://www.criticalcommons.org/Members/ ... V.mp4/view(Os incluyo aquí una captura del momento de inicialización del sistema, por si no queréis tragaros el clip completo):

Está COMMAND.COM y CONFIG.SYS. Curiosamente, los guionistas o los asesores técnicos de la película transformaron la variable COMSPEC en un programa, COMSPEC.EXE. Lo cual lleva a pensar que RoboCop no usaría un IBM-DOS como S.O., sino un MS-DOS:
http://en.wikipedia.org/wiki/ComSpec¡¡Por eso era tan duro!! No tenía instalado ningún Windows...
¡Abrazos!

Manu