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Y esta es la solucion que le di:
1):
- Lo primero que hice, fue bajar y grabar el "Hiren's boot cd v15.2" para tener unas herramientas de todo tipo (sobre todo de particionamiento) para dejar el disco duro como andaba buscando. Una vez descargada la imagen y grabada en un cd, configure la bios para que iniciara desde el cd-rom. Una vez en el menu del HB (Hiren's boot), seleccione "Dos programs" y de los programas que me listaba, seleccione "Smart Fdisk" (quizas no es exacto este dato, todo esto me viene de memoria, aunque si es seguro que ponia Fdisk). Con este programa particione el disco duro de la siguiente manera:
Particion 1: FAT16 // 2GB // MSDOS
Particion 2: FAT16 // 2GB // Para almacenaje extra en MSDOS
Particion 3: FAT32 // 50GB // WINDOWS 98
Particion 4: NTFS // 20GB // WINDOWS 2000
Una vez creas las particiones, has de pulsar alt+p para darle a "Save changes" (o similar), ya que de lo contrario no te dejara formatear estas particiones. Una vez creadas, para formatearlas, basta con pulsar alt+p encima de la particion a formatear y seleccionar "Format" (dejando los valores por defecto), todo esto en cada una de ellas. Si alguna no te deja formatear, como seguramente sea el caso de la particion NTFS, no te preocupes, lo haras mas adelante.
Por ultimo, asegurate que la particion activa sea la primera (FAT16 // MSDOS). En caso contrario, selecciona esta particion como activa.
2):
- Ya con el disco duro preparado, lo primero que hay que instalar es el MS-DOS, para ello metemos el primer disquete, y configuramos las bios para que esta vez inicie primero desde este medio. Una vez se inicie el proceso de instalacion, que es bien sencillo, llegaremos a una pantalla donde nos pedira sacar cualquier disquete para reiniciar y finalizar asi la instalacion de MS-DOS 6.22.
- Una vez instalado el MS-DOS, vamos a continuar con la instalacion, en este caso, de windows 2000. Para ello volvemos a configurar la bios para que inice desde el cd-rom, e iniciamos el proceso de instalacion de Win2K. El proceso es muy intuitivo y solo hay que prestar mayor atencion al momento donde seleccionamos la particion en la que vamos a instalar el S.O. En este punto deberiamos seleccionar la particion (NTFS // WINDOWS 2000).
Una vez concluya la instalacion, si reiniciamos el ordenador, veremos que el gestor de arranque de Win2K ya nos muestra el menu de inicio para elegir o bien Win2K o bien MS-DOS.
- Ahora, antes de seguir con la instalacion de ultimo sistema operativo, es muy importante que hagamos lo siguiente:
** Iniciamos el ordenador con el sistema operativo MS-DOS 6.22 (que ya tenemos instalado).
** Una vez estemos en C:\ introduciremos el comando "attrib -h -r -s bootsect.dos" (sin las comillas), para des ocultar este fichero.
** Con el fichero a la vista, escribimos este otro comando "copy bootsect.dos bootsect.sav" con lo que haremos una copia de este fichero
3):
- Ya con los archivos bootsect.xxx preparados, vamos a reiniciar el pc y entrar en el sistema operativo Windows 2000 (ya instalado), y vamos a copiar la carpeta "Win98" del Cd-rom de instalacion de este sistema operativo (Win98), en la raiz del disco duro donde lo vamos a instalar (FAT32 // WINDOWS 98). Esto nos ahorrara tiempo durante la instalacion y no tener que depender en un futuro del cd de windows98 (Asi lo conservaremos durante mas tiempo

- Una vez copiada la carpeta "Win98", vamos a reiniciar esta vez el pc con el disquete de instalacion de Windows 98. Si no disponemos de el, podemos conseguirlo AQUI. En el menu que nos aparece, tendremos que elegir "Iniciar sin compatibilidad con cd-rom" (o similar, ademas, recuerdo que esta frase estaba en ingles). Una vez finalice de cargar, volveremos a estar como si hubieramos iniciado ms-dos, en C:\, con la salvedad que al iniciar desde el disquete de Win98, si nos reconocera la particion FAT32 que creamos para la instalacion.
- Vamos a la carpeta que copiamos antes "Win98" y escribimos "Instalar", con esto comenzara el proceso de instalacion de Win98. Una vez instalado, en el siguiente reinicio veremos que el menu donde antes aparecia Win2k y MS-DOS, ahora solo aparece Win2k y Win98.
- Bien, lo primero es reparar el boot sector, ya que al instalar el Win98 este se ha desconfigurado (para win2K). Asi que reiniciamos el pc (configuramos bios para que inicie desde el cd-rom) y lo hacemos con el cd de win2k metido en la unidad. Pulsamos una tecla para que inicie el asistente de instalacion y en la primera pantalla que nos aparece, seleccionamos la opcion "Repair o reparar", en la siguiente pantalla elegimos "Proceso de reparacion de emergencia" (o similar), y para finalizar, en la siguiente pantalla seleccionaremos "Reparacion manual".
Nos aparece un lista con tres casilla marcadas y una opcion para continuar, asi pues, dejamos las tres casillas marcadas y continuamos. Una vez termine se reiniciara el pc.
4):
- Ya solo nos queda iniciar nuevamente con MS-DOS, pero como aun no esta en nuestra lista de sistemas operativos del menu de win2k, elegimos iniciar con Win98 pero rapidamente pulsamos repetidamente la tecla F8 para abrir el menu de inicio de Win98. Una vez se abra elegimos "Iniciar con una version de MS-DOS anterior" (o similar). Una vez cargue ms-dos, se quedara en c:\.
- Ahora tenemos que desocultar y quitar la proteccion "Solo lectura" al archivo bootsect.dos, esto lo haremos con "attrib -h -r -s bootsect.dos", seguidamente, cambiamos el nombre de este archivo de la siguiente forma "rename bootsect.dos bootsect.w40" y renombramos nuevamente el archivo bootsect.sav que hicimos pasos atras de la siguiente manera "rename bootsect.sav bootsect.dos".
- Quitamos el atributo de solo lectura a boot.ini con "attrib -h -r -s boot.ini" y lo editamos con "edit boot.ini". Aqui, debemos modificar estas lineas:
[Operating Systems]
XXXXXXXXX
c:\bootsect.dos="MS-DOS v6.22" /win95dos
c:\bootsect.w40="Windows 95/98" /win95
Donde he puesto XXXXXXX, es por que seguramente en ese espacio os aparecera una linea que hace referencia a Win2k, no la toqueis para nada, tan solo dejar las otras dos lineas de la manera que he puesto.
Guardamos los cambios, salimos y reiniciamos.
Entramos en la bios y dejamos configurado nuevamente para que inicie en modo normal "A,C,Scsi". Sacamos todos los disco/disquetes y si todo ha ido bien, veremos el menu de seleccion de sistema operativo que te pone Win2k, con nuestros 3 sistemas operativos:
Windows 2000
Windows 98
MS-DOS 6.22
Ya es cuestion de probar a iniciar con cada uno de ellos para ver si todo funciona correctamente. Lo bueno de este sistema (o al menos asi me gusta a mi) es que no hay que recurrir a programas de terceros tipo gestores de arranque que puedan modificar el MBR.
Si algun paso se os atraganta u os sale algo diferente a lo que digo aqui, decirmelo por si recuerdo haberlo hecho de otra manera. Todo estos pasos los recuerdo de memoria, es facil que se me haya escapado algun detalle

Espero que esta guie le pueda ser de utilidad a alguien, asi se ahorra las dos tardes tontas que me pegue para encontrar esta solucion

Un saludo!.