Ahí ya no puedo decirte nada... yo solo he usado RetroPie, todavía no he probado Recalbox.
En cuanto a la tarjeta... bueno, he mencionado por ahí que puedes usar
Rufus para reformatearla y comprobarla (usando la opción de Buscar bloques defectuosos en dispositivo). Aunque yo pruebo usando Rufus para formatearla y después
h2test o
f3 (disponible en casi todas las distribuciones linux) para comprobarla. Este programa llena la tarjeta de ficheritos con datos no-aleatorios y luego comprueba que se hayan escrito bien. Ambas opciones (Rufus y h2test/f3) tardan un montón en hacer las comprobaciones.
Por otra parte, mi primera Raspberry Pi (modelo B de 256K, de la primera serie) salió algo sensible a la alimentación: si no le ponías un alimentador bastante potente (mínimo 1A real, no 1A de los chinos) solía colgarse y corromper el contenido de la SD. Mi recomendación es emparejar las Raspberry con un alimentador de 2A de tienda de electrónica.
En cuanto a los 64 megas de la tarjeta, es todo normal. Si usas el administrador de discos de Windows verás que la tarjeta tiene (al menos) dos particiones. La primera es la de arranque que suele ser "pequeña"; la segunda te la marcará como "desconocida" (es una partición Linux) y ocupará un buen cacho de la tarjeta. No te preocupes si hay mucho espacio libre en la tarjeta; en la mayoría de sistemas de Raspberry Pi, durante el primer inicio esta partición se amplía hasta ocupar el resto de la tarjeta.